در این پست و پستهای بعدی قصد داریم آموزش طراحی پرایمر با نرم افزارهای مختلف و همچنین کنترل کیفیت و اختصاصیت پرایمرهای طراحی شده بپردازیم.

آموزش طراحی پرایمر قسمت اول: آموزش NCBI جهت یافتن توالی ژن در NCBI

اولین مرحله برای طراحی پرایمر یافتن یافتن توالی ژن در NCBI می باشد برای همین منظور در اولین قسمت آموزش طراحی پرایمر ما به آموزش NCBI جهت یافتن توالی ژن مورد نظر خود می پردازیم.
به عنوان مثال فرض کنید میخواهیم برای بررسی بیان ترانسکریپت نوع یک ژن ABL1 به روش RT-PCR پرایمر طراحی نماییم. برای این کار ابتدا به بخش GENE پایگاه داده NCBI به ادرس https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/?term= میرویم و ژن مورد نظر را جستجو می نماییم.
 

شکل ۱: صفحه بخش GENE پایگاه داده NCBI به ادرس https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/?term
 

شکل ۲: نتایج جستجو برای ژن مورد نظر که ژن مربوط به انسان [Homo sapiens (human)] را باید انتخاب نمود (قسمت هایلات شده).
 

شکل ۳: بعد از کلیک برروی اسم ژن مورد نظر به این صفحه وارد میشوید که اصلاعات کلی مربوط به ژن خود را خواهید یافت. به دلیل اینکه بررسی بیان برروی توالی mRNA صورت می پذیرد بنابراین باید در صفحه به دنبال توالی mRNAهای ژن گشت. درهمین صفحه در ستون سمت راست عبارت RefSeq RNAs را که نشان دهنده تمامی واریانت های mRNA شناخته شده از این ژن می باشد با بیابید.
 

شکل ۴: بخش RefSeq RNAs که نشان دهنده تمامی واریانت های mRNA شناخته شده و مورد تایید از این ژن می باشد که توالی کاملی را دارای می باشد.
 

شکل ۵: با کلیک برروی RefSeq RNAs به قسمت واریانت های بیانی این ژن منتقل می شوید. همانگونه که مشاهده می فرمایید این ژن دارای دو واریانت A و B می باشد. واریانتی را که میخواهید برای آن پرایمر طراحی کرده را انتخاب نمایید و برروی عبارت FASTA در زیر آن کلیک کنید.
 

شکل ۶: بعد از کلیک برروی عبارت FASTA توالی واریانت انتخابی برای شما به نمایش در خواهد امد که میتوانید با کپی کردن توالی آن را در یک فایل WORD ذخیره نمایید. که برای طراحی پرایمر مورد استفاده قرار می گیرد.