هرچند غلظتهای بالای هر ماده آلی، با ساختمان شیمیائی R-CH2OH میتواند برای باکتریها کشنده بوده و موجب نابودی آنها گردد. ولی باید توجه داشت که هر نوع الکل در غلظت خاصی از حداکثر فعالیت خود برخوردار میباشد. مثلا، اتیل و ایزوپروپیل الکل که معمولا استفاده میگردند، در غلظت ۷۰% محلول آبی از حداکثر توان باکترکشی خود، برخوردار هستند در صورتی که الکلهای متیلیک و پروپیلیک در غلظت ۱۰۰% نهایت اثر سمی خود را آشکار میسازند. هر چند مکانیسم اثر الکلها به هم ریختن شکل فضایی (دناتوره کردن) پروتئین سلولها منجمله باکتریهاست ولی این اثر نیاز به زمانی حدود حداقل ۲ دقیقه دارد پس دقت شود با کشیدن پنبه الکل به مدت مناسب و فشار کافی (ولی نه زیاد) حتی المقدور از تعداد باکتریهای سطح پوست کم شود. الکل قادر به از بین بردن اکثر ویروسها نمیباشد ولی از آنجایی که ویروسها زندگی انگلی اجباری دارند بصورت نرمال در روی پوست بدن وجود نداشته و از این بابت خطری بیمار را تهدید نمیکند.
